Kuroi Mato é uma estudante novata e, no primeiro dia de aula, conhece Takanashi Yomi. Apesar de parecerem opostos extremos, uma amizade entre as duas floresce a medida que o tempo passa. Mas, a medida que o segundo ano no colégio vai passando, elas ficam em turmas diferentes e começam a crescer separadamente. Simultaneamente, em algum lugar, uma jovem garota com o fogo azul morando em seus olhos - a Black Rock Shooter - encarra outra garota. Uma batalha começa.